半数居民都拥有特殊能力的街道，咲良田。在负责监视能力者的“管理局”管理下，居民过着和平的生活。“想要消去眼前之人的泪水”、“想要将声音传达给某人”。伴随着这种温柔而又细微的“愿望”，这条街道的能力诞生了。 拥有能够回想起过去体验过的全部记忆的“记忆保持”能力的浅井惠，以及拥有“最大能够将世界倒带3天”的“重启”能力的春埼美空。她自身也受到“重启”的影响而失去了记忆，但通过与决不会忘记任何事情的惠齐心协力，两人得以将过去重来，并改变现在—— 但，也存在着即使是这样的两人也无法重来的“过去”。那是，两年前同级生相麻堇受到“重启”的影响而消失的事情。 两人从属于名为“服务社团”的社团活动，一边过着完成学生们各种各样委托的每一天，一边寻找着能够让相麻堇复活的方法。这样的他们收到了一件委托——“希望让死去的猫复活”。 为了消除在过去发生的“悲哀”，少年与少女穿越时间，前去改变世界——

BONES的原创TV动画《Darker than BLACK－黑之契约者》，于2007年初春重磅登场。动画剧情围绕着超能力和间谍活动展开，故事的舞台定于喧嚣繁华的都市——东京。某日东京突然出现了异现象——不能解析的领域“地狱门”。在那里，有着人们从未遇见过并持有着超能力的来访者。人们称这些来放者为“契约者”，他们有的失去心智，有时甚至会残酷地杀害人类，“契约者”来到东京到底意欲何为……？

居住在踯躅台的高中1年级学生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent Gridman”相遇了。 Gridman告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日子被突然现身的怪兽轻易地踏碎——

　　故事发生在被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳……17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，于低声滴咕下伸展四肢。他打开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他在“一路顺风，哥哥”的送别声下，骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空……现在，冒险再度进化……

　　为欢迎新伙伴望月，大家前往温泉主题公园，正为高考和被选召孩子责任两难的阿丈没去，此时御台场又出现感染数码兽"奥加兽"，美美巴鲁兽无视光子郎劝阻和它进行了战斗，却出现了意外的结果...文化祭当天，烦恼的阿丈和美美二人面前，某个男人出现了...

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… 　　“所以说过去的事情我不知道啦！” 　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 　　接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤， 　　缅因猫兽再度开始暴走。 　　“不能让你诞生在世上…” 　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙—— 　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。 　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。 　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 　　其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临—— 　　被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界， 　　却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。 　　同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中… 　　之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

　　17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。不久，锹形虫兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只锹形虫兽。原来数码世界的数码宝贝被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码宝贝。现在，冒险再度开始。