居住在踯躅台的高中1年级学生响裕太，某天醒来后失去了记忆。之后，裕太与旧电脑里显现出来的“Hyper Agent Gridman”相遇了。 Gridman告诉裕太“去完成使命”，而裕太则开始寻找这番话的意义以及自己的记忆。虽然对这一突发事件感到困惑，裕太仍然在同班同学内海将以及宝多六花、新条茜等人的帮助下过着每一天。然而，平稳的日子被突然现身的怪兽轻易地踏碎——

　　故事发生在被选召的孩子们首次接触数码世界的6年后。2005年的一天，东京港区海面上的波浪在朝阳下摇曳……17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，于低声滴咕下伸展四肢。他打开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他在“一路顺风，哥哥”的送别声下，骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空……现在，冒险再度进化……

　　为欢迎新伙伴望月，大家前往温泉主题公园，正为高考和被选召孩子责任两难的阿丈没去，此时御台场又出现感染数码兽"奥加兽"，美美巴鲁兽无视光子郎劝阻和它进行了战斗，却出现了意外的结果...文化祭当天，烦恼的阿丈和美美二人面前，某个男人出现了...

　　缅因猫兽的暴走，以及由此引发的重启。 　　留下苦恼的芽心，太一等人前往数码世界。 　　重逢的搭档数码宝贝们，失去了至今为止的全部记忆。 　　即使如此也为了再次筑起羁绊，而伸出手去的被选召的孩子们，与回应此的数码宝贝们。 　　但，唯有比丘兽即使进化为成长期，也依然表现出警戒…… 　　“所以说过去的事情我不知道啦！” 　　面对比起自己更加优先关心他人的空的好意，比丘兽反而抱持着不信任感。 　　对于因受伤而久久伫立的空，太一和大和找不到能对她说的话语。 　　接下来，应该在数码世界做些什么才好—— 　　在商谈此事的众人面前，缅因猫兽突然现身，之后又消失了。他不知为何残留着原先的记忆，寻找着芽心，含泪彷徨着—— 　　看到这副景象，孩子们为了拯救缅因猫兽而对数码世界之旅下定了决心。但，他们的面前却出现了那个驱使黑暗四天王的男人的身影。 　　此时，现实世界的西岛收到了姬川失踪的报告。 　　调查此事的他，查出了姬川至今为止的行动背后隐藏着某个目的。 　　此事还关联着决定了两人命运的过去的某件事……

　　看到搭档望月芽心被有着玄内样貌的神秘男人所伤， 　　缅因猫兽再度开始暴走。 　　“不能让你诞生在世上…” 　　从现实世界消失的缅因猫兽，正是歪曲本身。是拥有过于巨大力量的，毁灭世界的钥匙—— 　　西岛大吾以及出现在望月博士之处的黑客兽，逐渐解明真相。 　　保证世界调和的恒常性将现在变得过于强大的缅因猫兽视为危险，而要将其切除。 　　随着暴走的缅因猫兽的出现，现实世界开始进入毁灭前的倒计时。 　　其所波及的地点接连发生异变。因歪曲而现身的数码宝贝们，等待着那一时刻的来临—— 　　被选召的孩子们，受到异常的数码世界排斥，返回现实世界， 　　却因为与搭档数码宝贝在一起而遭到人们的追赶。众人陷入孤立无援却仍然拼命地寻求对策，与此同时芽心独自一人持续烦恼着。 　　同伴和数码宝贝的声音，都传达不到因背负过大的负担而遭受打击的她心中… 　　之后，残酷的命运，甚至逼近了灵魂比任何人都率直纤细的八神光身边——

　　17岁的高中生八神太一，如常地用手按停眼前的闹钟，踢开混乱的被铺，低声滴咕下伸展四肢。拉开了窗帘，光线照到桌上一幅“那一天”的集体照上。随后他骑上自行车出门，奔向那片初夏的青空。不久，锹形虫兽出现在人类世界，并开始进行破坏。亚古兽重新出现，并和伙伴们战胜了3只锹形虫兽。原来数码世界的数码宝贝被感染，在人类世界寻找望月芽心和她的数码宝贝。现在，冒险再度开始。

　　世界的崩溃开始了。 　　暴走的大缅因猫兽吸收了黑暗进化的迪路兽、 　　用强大的力量进化成了秩序兽。 　　根据世界树的想法，现实世界将被数码世界所吞噬。 　　在绝望迫近的时候，被选中的孩子们拼命地向前。 　　现在太一不在了，能代替他带队的只有大 和。 　　「为了拯救世界，我们还有必须要做的事情！」 　　加布兽的话给大和带来了活力，而亚古兽则坚信太一定会回来。 　　另一方面，恒常性要处置失去控制的秩序兽、 　　并尝试施行干涉现实世界的最终计划。 　　为了阻止毁灭的到来，被选召的孩子们和他们的搭档拼命地战斗。 　　「所有的光芒，都汇聚在了缅因猫兽…」 　　绝望的迪路兽向大家说到。 　　孩子们做出最后决定的时候到了。 　　被选中的孩子们，自己将选择怎样的未来？ 　　现在，冒险将再一次进化。

　　男主角坂町近次郎是私立浪岚学园的一位普通的二年级学生，他具有一种非常特殊的体质，那就是女性恐惧症－－只要肌肤接触到女性，就会起排斥反应引起痉挛抽搐，严重的时候就是鼻血乱喷气绝身亡。自己的名字中也含有了标题中的「胆怯、懦弱」的成份在里面。 　　而女主角近卫昴是坂町近次郎的同班同学凉月奏的管家，因为小时候的事故而导致自己具备了「刀具恐惧症」，虽然是女子之身却女扮男装做起了管家，平时也穿着男装陪同大小姐去学校。不过凉月家的当家对她提出了「三年内，只要被任何一个人识破自己的女孩身份，立刻解雇管家工作」的要求，结果她还是非常戏剧性地被男主角给发现了自己的秘密。 　　坂町近次郎究竟能否保守住这份秘密？自此，他和凉月奏以及近卫昴之间不得不说的故事就此展开！